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給与支払報告書と住民税の特別徴収:1月の提出から翌年5月までの流れ

最終確認日: 2026年10月29日(公式ページ・法令の本文を読んで照合した日)

従業員の給与から住民税を天引きして納める特別徴収は、毎年1月に提出する給与支払報告書から始まり、翌年5月まで約1年続きます。所得税の年末調整とは窓口も法律も別で、提出先は税務署ではなく市区町村です。地方税法の条文と、東京都主税局の事業主向け案内にもとづいて、1年の流れを整理しました。市区町村ごとの様式や運用の違いは、各市区町村の案内で確認する必要があります。

1月:給与支払報告書の提出

地方税法第317条の6は、1月1日現在で給与の支払をする者で、所得税の源泉徴収義務があるものは、同月の31日までに、給与の支払を受けている人の前年中の給与所得の金額などを、その人の1月1日現在の住所のある市町村別に作成した給与支払報告書に記載して、その市町村長に提出しなければならないと定めています。

出典: e-Gov法令検索 地方税法(第317条の6・第321条の5・第383条) / 東京都主税局 特別徴収にかかる手続きについて

令和9年1月31日は日曜日のため、国税庁の手引は給与支払報告書の提出期限を令和9年2月1日(月)としています。当サイトの期限データでも、翌営業日に繰り延べた日付が出ます。

提出先は「1月1日現在の住所地」の市区町村なので、従業員が複数の市区町村に住んでいる場合は、その数だけ提出先があります。年の途中で退職した人の分は、同じ条文の3項に定めがあり、給与の支払を受けなくなった日の属する年の翌年1月31日までに、その日現在の住所地の市町村へ提出します。

この3項には、その年に支払った給与の総額が30万円以下の人は除くというただし書きがあります。国税庁の手引も、年の中途で退職した人への支払が30万円以下の場合は、給与支払報告書の提出を省略できるとしています。

出典: e-Gov法令検索 地方税法(第317条の6・第321条の5・第383条) / 国税庁 令和8年分 給与所得の源泉徴収票等の法定調書の作成と提出の手引

同じ条文の2項には、給与支払報告書を提出した人のうち、4月1日現在で給与の支払を受けなくなった人がいる場合は、4月15日までに、その旨の届出書を市町村長に提出する、という定めもあります。

電子での提出と、所得税の源泉徴収票との関係

提出は、地方税ポータルシステム(eLTAX)、光ディスク等、書面のいずれかで行います。国税庁の手引では、前々年に税務署に提出すべきだった源泉徴収票(みなし提出分を含む)が30枚以上の場合は、eLTAXまたは光ディスク等の電子的方法で給与支払報告書を提出する必要があるとされています。令和9年1月からは、給与支払報告書を市区町村に出せば、税務署への源泉徴収票の提出は不要とみなされます。詳しくは法定調書の解説にあります。

5月:特別徴収税額の通知

東京都主税局の案内では、毎年5月31日までに、従業員が住む区市町村から事業主あてに、特別徴収義務者用と納税義務者用の「特別徴収税額決定通知書」が送られます。この通知で、年税額と月割額が分かります。

6月〜翌年5月:天引きと納入

地方税法第321条の5は、特別徴収義務者は、通知を受けた特別徴収税額の12分の1の額を6月から翌年5月まで、給与の支払のたびに毎月徴収し、徴収した月の翌月の10日までに市町村に納入する義務を負うと定めています。通知に係る税額が均等割額以下のときは、最初に徴収する月に全額を徴収する扱いです。

出典: e-Gov法令検索 地方税法(第317条の6・第321条の5・第383条) / 東京都主税局 特別徴収にかかる手続きについて

従業員の退職などで異動があった場合の届出や、残りの税額の扱いは、東京都の案内では、事由が発生した日の属する月の翌月10日までに「異動届」を提出するとされています。6月1日から12月31日までの退職は、残りの税額が普通徴収に切り替わるのが原則で、本人の申出があれば未徴収の税額を給与や退職金から一括して徴収する扱いがあります。

納期の特例

特別徴収は毎月の納入が原則ですが、東京都の案内によると、給与の支払を受ける従業員が常時10人未満の事業主は、従業員が居住する区市町村に申請書を出して承認を受ければ、年2回にまとめて納入する納期の特例が使えます。東京都の例では、6月分から11月分を12月10日まで、12月分から5月分を翌年6月10日までに納入します。この特例の細目は市区町村によって扱いが異なる可能性があり、当サイトでは細目を確認できていません。

出典(一次情報)

一次情報での確認日: 2026-10-29

この解説は、上記の出典を当サイトが要約・加工して作成したものです。公的機関が作成したものではありません。一般的な案内であり、個別の事情に応じた助言ではありません。

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